Qu'elle est l'origine du Covid-19 ?

d'où provient le coronavirus ?

Le coronavirus baptisé SARS-CoV-2  (celui qui est responsable de cette maladie que le monde connaît désormais sous le nom de Covid-19) a émergé en Chine, il y a plusieurs mois déjà (fin d’année 2019 à Wuhan en Chine). Cependant,  son origine continue de faire débat. Aujourd’hui, des chercheurs affirment que rien ne permet de supposer que le Covid-19 n’est pas d’origine naturelle. Plusieurs pistes sont aujourd’hui entrain d’être examinées.

Quelle est l'origine du mot coronavirus ?

Le Coronavirus, est un  « virus à couronne », corona, en latin. Ce virus à donc été appelé ainsi car lorsqu’on l’étudie au microscope, on observe qu’il est rond et surtout qu’il est entouré de protubérances, comme une couronne ou un bouchon de bière. Le coronavirus est un type de virus donc et il n’y en a pas qu’un seul. Il existe plusieurs coronavirus, comme le SRAS découvert en 2003 par exemple.

Le covid-19 à-t-il été créé en laboratoire ?

Depuis la découverte du coronavirus SARS-CoV-2 (responsable du Covid-19), un certain nombre de rumeurs non fondées ont couru, suggérant qu’il aurait été créé en laboratoire. 

Cependant, ce n’est que pour l’instant une hypothèse selon Weifeng Shi, professeur à l’Institut de biologie des agents pathogènes de la Shandong First Medical University (Chine). 

Cette rumeur n’est pas venue toute seule. En effet, il a notamment été mis en avant une caractéristique particulière soit une insertion d’acides aminés qui pourrait être l’indication d’une manipulation humaine. Cependant, il est aussi probable que ce type d’insertion peut se produire dans la nature.

De plus à ce jour, aucune expérimentation ne permette de confirmer à l’exactitude la durée de vie du coronavirus sur une sur surface. Ainsi, il est impossible de savoir par quel moyen le Covid-19 ce serait échappé de l’éventuel laboratoire de Wuhan. 

Hypothèses : Le coronavirus aurait une origine naturelle ?

Fin mars 2020, des travaux parus dans Nature Communications  montrent une très haute ressemblance de liaison entre la protéine Spike, qui donne sa forme de couronne au coronavirus (SARS-CoV-2), et le récepteur ACE2 des cellules humaines permettant elles au virus de se fixer pour infecter l’humain.

D’après l’auteur de l’étude, une telle ressemblance reste donc probablement le résultat de diverses mutations ainsi que des effets de la sélection naturelle. Ainsi, le nouveau coronavirus ne serait donc pas le fruit d’une manipulation volontaire en laboratoire.

 

Une seconde publication plus récente, comparant la structure de la protéine Spike du Sars-CoV-2 avec celle d’un coronavirus de chauve-souris (très proche génétiquement), vient consolider l’hypothèse d’une provenance naturelle de ce virus.

 

Pour finir, une modification tant importante qu’une recombinaison aurait réduit considérablement le niveau de ressemblance du virus avec ceux des autres coronavirus. Cependant, le Sars-CoV-2 présente une très forte équivalence avec plusieurs coronavirus retrouvés chez les chauves-souris comme ka race des Rhinolophus.

 

À ce jour, aucun argument scientifique solide ne permet d’affirmer que le Sars-CoV-2 serait un virus recombiné.

À l’inverse, les publications dans les revues à comité de lecture mettent en avant des arguments de plus en plus nombreux en faveur d’une origine naturelle du virus.

Une transmission interanimale du covid-19 ?

L’enquête sur les origines animales du SARS-CoV-2, agent étiologique du Covid-19, est toujours d’actualité. Les chauves-souris, notamment l’espèce Rhinolophus affinis, et le pangolin sont les deux seules espèces animales hébergeant des coronavirus très proches du SARS-CoV-2. Si la chauve-souris est l’origine la plus probable du virus, bien qu’aucune preuve formelle n’existe, le rôle du pangolin dans la chaîne de transmission reste à déterminer.

Malgré son statut d’espèce protégée, le pangolin est le mammifère qui souffre le plus du commerce illégal. Sa chair est consommée en Asie et ses écailles sont utilisées en médecine chinoise.

chauve souris rhinolophus affinis

La chauve souris Rinolopus Affinis

Le pangolin

La piste d'une recombinaison virale

La recombinaison génétique est un mécanisme biologique clé durant lequel deux brins d’ADN mélangent leur information génétique pour former un brin-fils qui possède des caractéristiques de chaque brin parental. C’est grâce à ce phénomène qu’on peut posséder la même couleur d’yeux que sa mère et la même couleur de cheveux que son père.

Chez les virus, le phénomène de recombinaison génétique existe aussi, même quand leur matériel génétique n’est pas de l’ADN. Le SARS-CoV-2 possède un génome à ARN, comme les virus de la grippe. Le génome des virus du genre Influenza est composé de plusieurs fragments d’ARN qui peuvent se recombiner pour former une nouvelle souche, lorsqu’ils se rencontrent dans une même cellule. Chez les coronavirus, le génome est constitué d’une seule molécule d’ARN, ce qui ne l’empêche pas de se recombiner avec d’autres coronavirus similaires. Ce phénomène a aussi été décrit pour le SARS-CoV et le MERS-CoV.

De la chauve-souris et du pangolin dans l'origine du Covid-19

Ces recombinaisons compliquent le travail des chercheurs sur l’origine du nouveau coronavirus. Les scientifiques ont comparé 43 génomes complets divisés en trois groupes : les coronavirus humains, les coronavirus de chauves-souris et enfin, les coronavirus de pangolins afin d’essayer de remonter à l’origine de celui-ci

Le premier résultat de cette analyse bio-informatique confirme ce qui avait été fait précédemment : le coronavirus de chauves-souris RaTG13 est le plus proche du SARS-CoV-2, quand on le regarde dans sa globalité.

Cependant, quand on zoome un peu plus sur la séquence, il existe quand même plusieurs variations.


En effet, la région ORF1a du génome, qui fait environ 350 paires de base, est plus proche des coronavirus de chauves-souris ZXC21 et ZC45 que de RaTG13. Mais, un peu plus loin dans la séquence génomique, la région 2 qui code pour le domaine de liaison au récepteur ACE 2 porté par la protéine S, est plus proche du coronavirus isolé d’un pangolin de Guangdong que de n’importe quel coronavirus de chauves-souris analysé.

Liens phylogénétiques de chaque région génomique du SARS-CoV-2 avec des génomes de plusieurs coronavirus isolés des chauves-souris et des pangolins

Une recombinaison génétique serait donc à l'origine du nouveau coronavirus

Ces différences phylogénétiques témoignent d’une histoire de recombinaison entre des virus de pangolins et de chauves-souris qui a abouti à l’émergence du SARS-CoV-2. Les scientifiques ont identifié une zone très précise dans le génome qui semble être le centre d’une recombinaison. Elle se situe en aval ou en amont du domaine de liaison au récepteur de la protéine S : En effet, le récepteur de la protéine S permet au coronavirus d’infecter les cellules humaines.

Il est donc plausible d’imaginer qu’un coronavirus de chauves-souris, RaTG13, qui reste le plus proche malgré quelques zones de divergence, se soit recombiné avec un coronavirus de pangolins auquel il a pris le domaine de liaison au récepteur. Cet évènement de recombinaison, peut-être pas unique dans l’histoire génétique du SARS-CoV-2, a contribué à son émergence.

Reste à savoir qui est réellement à l’origine du coronavirus : La chauve-souris Rinolopus Affinis ou le Pangolin ? La réponse semble être les deux. 

Il faut désormais comprendre comment ces deux espèces bien différentes ont pu se côtoyer pour permettre cette recombinaison. La réponse se trouve peut-être du côté du fameux marché exotique de Wuhan là où a été découvert pour la première fois le nouveau coronavirus : Le covid-19.